順治辛丑1661年十二月，鄭成功為勢所迫,棄福建轉(zhuǎn)攻臺灣，率部一舉成功收復(fù)臺灣，遂屯駐退守寶島。康熙壬寅元年（1662年）五月，鄭成功因內(nèi)憂外患突遭急病而亡，導(dǎo)致鄭氏內(nèi)部出現(xiàn)權(quán)力之爭，將士多有疑慮，一時(shí)軍心不穩(wěn)。
六奇公卻在本年喜事連連。是年七月，獲誥封為特進(jìn)榮祿大夫，夫人張氏封一品夫人，誥贈三代考妣，遂題《奏謝誥封疏》恭謝皇恩。十月，再題《奏謝加少保疏》恭謝皇帝于四月加少保兼太子太保銜，并賞賜蟒袍馬匹等物。
康熙癸卯二年（1663年），在審理莊廷x明史案過程中，六奇公為報(bào)答名士查繼佐昔日知遇之恩，憑借個(gè)人威望和朝廷關(guān)系積極斡旋，使遭受牽連的查繼佐脫身于文字獄。此事為世人所津津樂道，后世學(xué)者更將之撰為傳奇故事。
同年四月，祖妣妙壽楊婆太為漢公生下第11子啟鯤公。
鄭成功病故后，清政府適時(shí)運(yùn)用各種手段，對鄭氏部屬進(jìn)行打擊分化瓦解招降，而六奇公正是擅長勸降招撫的佼佼者。康熙癸卯1663年十一月，駐兵南澳島的鄭經(jīng)（鄭成功之子）麾下部將杜輝雖欲棄島投誠，但心存疑慮。六奇公因勢利導(dǎo)，充分把握時(shí)機(jī)，立撥部札參將管大城所守備事吳漢，中軍守備李青先上杜輝之船，以安其心……，兵不血刃招撫杜輝率部屬家眷棄島歸降。在招撫安頓好降將杜輝及其部屬后，六奇公即上奏《招撫南澳題疏》詳細(xì)陳述整個(gè)過程。
鑒于六奇公招撫工作的卓有成效，平南王尚可喜上折疏言：銅山諸逆鄭經(jīng)周全斌等各思?xì)w誠，請以招撫事宜專責(zé)饒平總兵官吳六奇相機(jī)料理”。此后，陸續(xù)有大批鄭經(jīng)部將聞風(fēng)而動，相繼率部接受六奇公招撫，其中不乏包括吳升、張雄、林景福、江美鰲等授總兵都督職銜者漢公在招撫過程中卓有建樹，共紀(jì)錄軍功六次，遂得到兩廣總督盧崇峻、提督楊遇明疏題加授左都督。
祖妣貞勉陳婆太則可能就是在此前后嫁入我吳門，這是以陳婆太在次年（1664年）十一月生下高祖第13子啟誠公而推論的。
康熙三年（1664年）春，六奇公又先后上奏《匯報(bào)招撫投誠疏》《再報(bào)招撫疏》，詳陳自去年十一月招撫杜輝吳升，至本年三月止，前后四個(gè)月時(shí)間內(nèi)招撫投誠的巨大成果。
同年三月，題《遵例自陳疏》闡述自駐鎮(zhèn)饒平以來，歷時(shí)九年半的自我評價(jià)。
為了避嫌免遭朝廷猜忌，六奇公又上奏《題請別調(diào)疏》，以潮州南澳已平定為由，主動建議撤銷饒平鎮(zhèn)，并入潮州統(tǒng)一管轄。題請朝廷改調(diào)自己往外省任職。此實(shí)為既遵循慣例又可表示忠心之舉。朝廷深知鄭經(jīng)尚未剿滅，饒平鎮(zhèn)仍為海防重鎮(zhèn)，暫不能撤。兼對六奇公之忠心信賴有加，遂未就此議作出討論；反而在閏六月降旨：吳六奇著加少傅兼太子太傅。六奇公領(lǐng)旨受封后，遂又題《奏謝加少傅疏》恭謝天恩。
而在此年，先是妙壽楊婆太生下漢公第十二子啟鵬公，至十一月，貞勉陳婆太又為漢公生下第十三子啟誠公。
十一月，南贛巡撫林天擎捕獲僧人程魁。經(jīng)審訊供稱，明朝宗室朱耀階連同幾位宗室及部下更名改姓，匿居于潮州鳳凰山紫金洞。上疏稟稱：饒鎮(zhèn)容留庵內(nèi)多年，不行察報(bào)。皇帝回旨：吳六奇投誠年久，效有勞績……,吳六奇免罪。六奇公深念皇帝明察寬容，赦免己罪，遂于康熙四年（1665年）三月題《奏謝溫旨疏》，叩謝皇恩并陳述原由。
一波未平一波又起。是年,僧人邱義向官府告發(fā)葛如公數(shù)罪，包括與明朝崇禎帝太子暗中聯(lián)絡(luò)；匿藏南明桂王之子在家，并招為女婿；揭發(fā)六奇公在燕子山私開銀礦等。事情雖經(jīng)靖南王耿繼茂審理后迅速了結(jié)，奏稱邱義實(shí)為狂僧，所告之事均屬誣告，隨即處決了邱義。但連番事件。已令葛如公心力交瘁，加之將趨花甲之年，遂致一病不起。
基于對自己家人的未來和追隨左右甘苦與共的將士們之前途著想，六奇公在其輝煌人生即將逝去之際，抱病題《奏請遣子入侍疏》，叩請準(zhǔn)以第四子啟爵依例進(jìn)京為御前侍衛(wèi)，及題《奏請承襲疏》請準(zhǔn)次子啟豐承襲饒平總兵一職。康熙皇帝念及六奇公之功勞和忠心，皆下旨準(zhǔn)奏。
康熙四年（1665年）五月初三巳時(shí)，一代傳奇吳六奇不幸與世長辭，享年59歲。皇帝追賜特進(jìn)光祿大夫少師兼太子太師賜u順恪；封贈祖上三代，賜祭葬于大埔縣湖寮鄉(xiāng)。
六奇公能文尚武，除軍功卓著之外，文采亦極為不凡，生前撰寫之詩文書信甚多，為后人分別收錄于《忠孝堂文集》和《吳六奇書札》。
啟豐公蒙皇帝特許承襲父職，任饒平鎮(zhèn)總兵。原六奇公得力舊將，中軍副將鄒瑞，都司李青及營委管營務(wù)部札參將吳漢等自是鼎力輔佐。
